Intervju: Patrik Magnusson om arbetet för öppen vetenskap på KI

Publicerad: 2022-10-20

I mars 2022 inrättade kommittén för forskning en beredande arbetsgrupp för öppen vetenskap på KI, Open Science Working Group, OSWG. Vi har pratat med Patrik Magnusson som är ordförande i OSWG om arbetsgruppens uppdrag och vad som står på deras agenda.

Patrik Magnusson
Patrik Magnusson, ordförande för OSWG

Berätta vem du är!

– Jag är biolog och genetiker från början. Under doktorandstudierna närmade jag mig registerbaserad forskning, biostatistik och analys. När jag doktorerat gjorde jag min post-doc i New York på Columbia University. Jag har sedan dess kombinerat molekylära data med epidemiologiska metoder och biostatistiska metoder, så jag har lite grand en förståelse för båda världarna.

Vad är din ingång till öppen vetenskap?

– En viktig ingång till öppen vetenskap för min del har varit att fältet som jag framför allt jobbat inom genetisk epidemiologi, har genomgått en dramatisk förändring där vi har rört oss från en situation med mycket publication bias och en hög andel falskt positiva fynd, till ett av de fält som gör bäst ifrån sig vad gäller replikerbarhet och transparens. Anledningen att vi vet att det har varit så är för att vi har gått från att undersöka enstaka genetiska varianter till att mäta variation i hela arvsmassan och har skalat upp studierna på motsvarande sätt. Vi har tusen gånger större studier idag än vad vi hade tidigare och det innebär att vi har statistisk kraft för att analysera hela arvsmassan. Forskare har delat med sig av sina resultat och tillsammans har man då kunnat göra meta-analyser.

– För mig har det verkligen varit en ögonöppnare och en fantastisk utveckling. Jag har blivit jätteinspirerad av den utvecklingen som har skett inom genetisk epidemiologi och tänkt att jag hoppas att det kommer leda till att andra fält också anammar metoder som effektivt motverkar publication bias, såsom praxis att systematiskt publicera aggregerade resultat.

OSWG (Open Science Working Group)

Patrik Magnusson ordförande (MEB), Anna Krook (KF, FyFa), Gustav Nilsonne (UF, SND), Kristiina Tammimies (KBH) och Sverker Holmgren (MEB).
Adjungerade platser: Fredrik Persson (KIB) och Janina Neufeld (Junior Faculty, KBH).
Ledningsstöd Adina Feldman (UF, NVS).

Berätta om det uppdrag Open Science Working Group har fått.

– Vi är en beredande arbetsgrupp, vi har ingen beslutsrätt på egen hand utan vi ska ta fram underlag som kommittén för forskning kan ta ställning till. De kan ge oss vägledning i vilket håll vi bör arbeta mot. I och med att det här med öppen vetenskap är så mångfacetterat så är en del av uppdraget att konkretisera vad KI bör lägga i begreppet och vad det ska bestå i, lite grand av definitionsarbete.

– En konkret uppgift är att vi ska ta fram en handlingsplan för främjande och införlivande av ett öppet vetenskapssystem från och med 2026, då våra lärosäten i Sverige är ålagda att ha ett öppet vetenskapssystem på plats, enligt regeringens beslut. Som jag ser det så krävs det ganska mycket förarbete, analys och förankringsarbete. De facto så har vi ett vetenskapligt system som bygger på konkurrens där forskare tävlar om att visa resultat som för fältet framåt, leder till innovation och utveckling. I det ligger viss protektionism inbyggd i systemet. Så det är lättare att säga än att göra.

Vad har ni gjort hittills?

– Vi har haft en handfull möten i gruppen och det är snart dags för rapportering till kommittén för forskning igen. Mycket av mötena som vi har haft har egentligen handlat om att utbilda varandra i gruppen utifrån våra respektive horisonter och kunskaper och expertiser, det har varit intressant bara att lära av varandra.

– Sen har vi börjat med att bestämma oss hur vi ska lägga upp arbetet med att ta fram handlingsplanen. Och vi har också påbörjat en eftersökning av policyer som KI har – fiska upp vilka policyer finns det som rör det här och hur de låter i dagens Open Science-klimat. Det är uppenbart att vissa behöver revideras.

– Sen är vi också medlemmar i olika samarbetsfora. SUHF har en referensgrupp, Vetenskapsrådet har en annan och likaså europeiska European Open Science Cloud (EOSC), som vi också är med i.

Vad mer kan du berätta om handlingsplanen ni ska ta fram?

– När det gäller handlingsplanen som KI ska ta fram och enas kring finns det ett underlag som SUHF har tagit fram. Det består i en färdplan med rekommendationer till de olika lärosätena och den har vi studerat och bestämt oss för att vi kommer att använda oss av som vägledning.

Finns det en tanke att harmoniera de policyer man väljer att implementera här på KI med de som gäller nationellt och även internationellt?

– Ja i så stor utsträckning som möjligt. En typisk sådan sak som jag har slagits av och som jag tycker är komplicerad är att mycket av det här med öppenhet bygger på att det inte finns lagliga skäl att vara sluten. Kanske hälften av KIs forskning baseras på känsliga personuppgifter som måste skyddas av integritetsskäl. Sen är det ju en hel del studier som har potentiell kommersiell avnämare där det finns avtal med företag och patenteringar. Så det är ganska svårt att harmonisera allting på en gång med intellectual property rights, lärarundantaget och så vidare. Det blir en tolkning av lagar hela tiden, hur viktigt är det att göra det vi ska göra, nämligen forska på ett så bra och transparant sätt som möjligt, jämfört med hur stor är risken att vi röjer känslig data eller omöjliggör en kommersialisering. Genom att vi utgår från rekommendationer som tagits fram av SUHF och forskningsfinansiärer inför krav på öppenhet så tror jag implementeringarna till slut kommer att bli ganska lika. FAIR-principerna för öppen vetenskap är centrala och allmänt accepterade.

Du har nämnt några utmaningar med öppen vetenskap. Hur ser du på fördelarna och möjligheterna?

– Fördelar består i att en övergång mot ett öppet vetenskapssamhälle leder till ökad transparens och mer tillförlitlig forskning. Det kommer innebära lägre publication bias och lägre andel av falska positiva fynd, vilket egentligen är samma sak. Det blir möjligt att rekapitulera och validera. Jag tänker att forskningen har ett högt anseende därför att det onekligen är det bästa vi kan göra för att nå ny kunskap, det är inte perfekt, men det är det bästa vi kan göra. Fortfarande finns det ändå väldigt mycket utrymme för förbättrad forskningsmetodik. För att forskningen ska fortsätta vara det man håller sig i när det blåser och vägledning mot sanningen behövs, då är det viktigt att vi gör så bra ifrån oss som det bara går och det här är en viktigt process i den riktningen.

– När det gäller möjligheter så tror jag att det kan leda till en effektivare forskning i termer av kostnadseffektivare forskning därför att när folk börjar dela data, då kan man använda data, återanvända och samanalysera data och man får bättre och precisare estimat. Förhoppningsvis så kommer forskningsresultat även att kunna publiceras på ett mer kostnadseffektivt sätt.

– Jag tror också att det här kan leda till mindre jäv, mindre nepotism och ett rättvisare system.

Finns det något mer ni vill säga till KI?

– Effektivisera forskningen till exempel genom att underlätta och möjliggöra delning av data. Använd de verktyg och strukturer som redan finns. Underlätta och möjliggör metaanalysering av många studier. Oavsett allt annat i det här med öppen vetenskap är det här grejer som är eftersträvansvärda och kommer leda till bättre och sannare resultat. Det tycker jag man kan ta med sig. Vissa av förändringarna kommer stöta på patrull och gnissel, men jag tror det är rätt väg att gå.

– Sen får vetenskapssystem, till exempel forskningsfinansiärer och forskningsutvärderare hitta faktorer som gör att vi som forskare premieras när vi gör våra data FAIR, är generösa med våra kunskaper, metoder, data och resultat. Så det ska inte vara omöjligt, men det vill till att det värderas högt, mer än vad det värderas att publicera i tidskrifter med hög impaktfaktor.

Hade du nytta av informationen på denna sida?

Om du vill att vi ska kontakta dig angående din feedback, var god ange dina kontaktuppgifter i formuläret nedan

Jag godkänner att mina (frivilligt lämnade) personuppgifter (namn, e-post) lagras i enlighet med dataskyddsförordningen (GDPR). Uppgifterna används endast till att återkoppla till den som använder formuläret.