Resurser för visualisering

Denna lista med exempel på hjälpmedel, litteratur och tips uppdateras löpande. Bidra gärna med tips och uppslag på resurser som kan vara till nytta för andra.

Att välja rätt diagram

Ibland kan det vara svårt att veta vilken slags visualisering som är mest lämplig för ett givet dataunderlag, och vilket diagram som tydligt kommunicerar dina fynd. Nedan listar vi några resurser som kan vara till hjälp:

• From data to viz
• The data visualisation catalogue
• Data viz project
• Depict data studio

Mjukvara och applikationer

Nedan hittar du några exempel på applikationer som kan vara till hjälp när du ska visualisera data. De är antingen fritt tillgängliga, eller tillgängliga per licens via KI.

Affinity

Professionell designprogramsvit för grafisk produktion. Affinity består av flera delar: Photo, Designer och Publisher. Dessa program är alternativ till Adobe Photoshop, Illustrator och InDesign.

• KI ger studenter kostnadsfri tillgång till hela Affinity-sviten. Läs mer om hur du som är student ska göra för att få tillgång till Affinity. 
• Är du anställd vid KI och intresserad av Affinity? Läs mer om hur du som är anställd ska göra för att få tillgång till Affinity.

Blender

Blender är ett kraftfullt program för produktion av 3D-grafik, oavsett om det gäller modellering, animation eller rendering. Blender är fritt tillgängligt och många användarguider för Blender finns att tillgå.

Det finns även ett fritt tillgängligt tillägg, Bioblender, som fokuserar på visualisering av proteiner och makromolekyler genom att använda PDB-data. Tillägget uppdateras dock inte längre.

Excel (Microsoft 365)

Microsoft 365 har man tillgång till som student eller anställd vid KI, och det gör MS Excel till ett standardprogram i visualiseringsverktygslådan. Excel är lämpligt för visualisering, i synnerhet när det handlar om storleksmässigt begränsade dataset. Flera utförliga användarguider finns att tillgå:

• Kortfattad visualiseringsguide för Excel från Duke University Libraries
• Omfattande guide för mer avancerad visualisering i Excel från PolicyViz.

Gephi

Gephi är ett fritt tillgängligt program för nätverksvisualisering och -analys. Det finns användarguider för såväl nybörjare som mer avancerade användare.

GIMP

Ett gratis alternativ till Affinity Photo och Adobe Photoshop för bildredigering. GIMP är släppt med öppen källkod och har många användbara insticksprogram, ofta utvecklade av andra användare. Till exempel färgkonverteraren Jet Killer, som släppts med MIT-licens. GIMP har utförliga användarguider.

Grafiska abstract

Resurser lämpade för produktion av grafiska/visuella abstract. Läs mer på sidan om grafiska abstract.

• BioRender är en tjänst som låter dig skissa och producera grafiska abstracts och illustrationer. Är du anställd vid KI och intresserad av verktyget? Läs mer om hur du som är anställd ska göra för att få tillgång till BioRender.
• Mind the graph har tiotusentals ikoner och illustrationer lämpliga för vetenskaplig kommunikation inom medicin och biologi.
• The noun project erbjuder många tusen ikoner, illustrationer och bilder inom flera olika discipliner.
• Bioicons erbjuder en omfattande samling ikoner relevanta för medicin och biologi, de allra flesta med fri licens.

Inkscape

Ett gratis alternativ till Affinity Designer och Adobe Illustrator. I Inkscape arbetar du med vektorgrafik. Öppen källkod. Inkscape har många användarguider.

Krita

Krita är en applikation som ger användaren möjligheter att producera professionella illustrationer av hög klass. Liksom GIMP är det ett gratis alternativ till licensbelagd mjukvara som Affinity Photo och Adobe Photoshop. Fokus ligger på skapandet av digitala bilder, snarare än på redigering. Applikationen fungerar på Windows, macOS och Linux, samt Android och Chrome OS. Bland dokumentationen erbjuds både användarguider och handledning.

Maya och mMaya

Autodesk ger studenter och lärare fri tillgång till det kraftfulla 3D-programmet Maya, efter registrering.

Om du sedan skapar ett gratis användarkonto hos Clarafi kan du kostnadsfritt hämta insticksprogrammet Molecular Maya (mMaya), som låter dig producera avancerade 3D-visualiseringar av PDB-data.

Molekylär visualisering

En lista på användbara applikationer för molekylär visualisering, alla med lite olika funktioner:

• Cn3D, fritt tillgängligt verktyg från NLM. Läser in filer från Molecular Modeling Database (MMDB), filer baserade på PDB-data. Eftersom verktyget dock håller på att fasas ut rekommenderar de istället den webbaserade applikationen iCn3D.
• Jmol, en javabaserad applikation med öppen källkod. Finns också som JSmol, en javascript-version som tillåter full HTML5-integrering, inklusive interaktivitet. Tillhandahåller användarguider och information om korrekt citering.
• PyMOL finns både som licensierad produkt och fritt tillgänglig i form av öppen källkod. Applikationen är pyton-baserad.
• UCSF ChimeraX, gratis att använda för icke-kommersiella ändamål. En kraftfull applikation som erbjuder många avancerade funktioner för såväl utforskande som beskrivande visualiseringar. Användarguider erbjuds, liksom stöd för VR-projicering och 3D-printing. Det finns även information om hur användning ska citeras korrekt.
• VMD, eller Visual Molecular Dynamics, är en fritt tillgänglig applikation med öppen källkod. Bra användarstöd ges i guider och manualer.

PowerPoint (Microsoft 365)

PowerPoint, en del av Microsoft 365 som du som är student eller anställd vid Karolinska Institutet har tillgång till. Ett kraftfullt verktyg avsett för presentation. Om du behöver hjälp att komma igång med programmet tillhandahåller Microsoft flera grundläggande användarguider för PowerPoint.

RAWGraphs

Ett webbaserat visualiseringsverktyg med öppen källkod. RAWGraphs är lämpligt att använda i steget från kalkylprogram (t.ex. Microsoft Excel, Apple Numbers, OpenRefine) till vektorbaserade illustrationsprogram (t.ex. Adobe Illustrator, Inkscape, Affinity Designer).

Du laddar upp data, väljer graf och exporterar sedan grafik som kan efterbearbetas. Ingen registrering krävs, det är fritt använda, och ingen data sparas eller lagras. Pedagogiska användarguider beskriver hur de olika diagrammen och graferna skapas, och det finns tydliga uppgifter om hur verktyget ska citeras.

Litteratur

Böcker om visualisering

De böcker på ämnet visualisering vi listar här bör ses som såväl fördjupnings- som kompletteringsmaterial. Framförallt kompletterar de varandra, men var för sig erbjuder de en fördjupning i ett visst angreppssätt eller en tanketradition. Listan är på intet sätt uttömmande eller komplett, snarare består den av litteratur som på ett initierat sätt diskuterar och beskriver visualisering ur såväl ett utforskande som ett förklarande perspektiv.

Tamara Munzner Visualization Analysis and Design, 2015. ISBN: 9781466508910.

Teoretiskt och praktiskt helhetsgrepp om visualiseringsprocessen. Funktion före form. Utmärkt bok oavsett kunskapsnivå. Om du enbart hinner läsa en bok från listan rekommenderas den här. Boken finns i bibliotekets samlingar.

Colin Ware Information visualization : perception for design, 2012. ISBN: 9780123814647.

Beskriver visualisering som en naturlig del av forskningsprocessen. Fäster stor vikt vid mänsklig perception. Tydligt förankrad i vetenskap och beprövad forskning. Utmärkt fördjupningslitteratur.

Colin Ware Visual thinking for design, 2008. ISBN: 0123708966.

Beskriver visuell kodning utförligt, fokuserar mänsklig perception och varför vissa visuella signaler är mer effektiva än andra. Ger en förståelse för grundläggande grafiska principer. Boken finns i bibliotekets samlingar.

Edward Tufte The visual display of quantitative information, 2001. ISBN: 0961392142.

Behandlar grafisk presentation av statistiska data. Tydlighet och läsbarhet är centralt. Sparsmakat uttryck, tonvikten ligger på presentation av data snarare än på utsmyckning. Funktion före form. Inspirerar till återhållsamhet. Boken finns i bibliotekets samlingar.

Edward Tufte Envisioning information, 1990. ISBN: 0961392118.

Inspirerande kompendium över återhållsamma visualiseringar och intelligenta designlösningar, till exempel presenteras begreppet "small multiples" närmare. Bra breddningslitteratur.

Charles D. Hansen & Chris R. Johnson (red.) The visualization handbook, 2014. ISBN: 012387582X.

En antologi som ger en god introduktion till fältet. Spänner över såväl det tekniska som det perceptionsrelaterade. 

Jeff Johnson Designing with the mind in mind : simple guide to understanding user interface design rules, 2014. ISBN: 9780124079144.

Fokus på samspel mellan användare och verktyg, interaktivitet och tillgänglig design. Tekniskt orienterad litteratur lämplig att konsultera vid utformning av interaktiva visualiseringar. Boken finns i bibliotekets samlingar.

Claus O. Wilke Fundamentals of data visualization, 2019. ISBN: 1492031089.

Ger en bred introduktion till datavisualisering. Praktiskt orienterad bok, full av tips och riktlinjer.  Preprint tillgänglig online.

Martin Engebretsen & Helen Kennedy Data visualization in society, 2020. ISBN: 9789463722902.

Ett multidisciplinärt perspektiv på visualisering och hur verktyget tillämpas i samhället. Open Access, tillgänglig online.

Konferenser

Att delta i en konferens kan vara ett bra sätt att knyta kontakter, hålla koll på nya trender, nya program och verktyg samt stimulera till kollaborativt och utvecklande arbete.

VIZBI, eller Visualizing biological data, är en tredagarskonferens som hålls årligen sedan 2010. Fokus är på visualisering inom biomedicin, från nanoskala och molekylärnivå upp till populationer och ekosystem. Vartannat år ges den vid EMBL i Heidelberg och vartannat år någon annanstans i världen, oftast i USA. Brukar ha goda möjligheter till digitalt deltagande. Blandar och sammanför akademi och industri.

Outlier är en konferens som anordnas av visualiseringsnätverket Data Visualization Society. Första upplagan hölls 2021. En online-konferens med aktivitet större delen av dygnet där presentationerna följer på varandra enligt tidszonerna. Visualiseringsbegreppet är brett och innehållet generöst tilltaget. Stor vikt läggs vid tillgänglighet och inkludering.

IEEEvis är en etablerad och tekniskt orienterad visualiseringskonferens som anordnats sedan 1996. Fokus ligger på såväl teori som metod. Konferensen blandar och sammanför akademi och industri.

Podcasts

Det finns många podcasts om visualisering, men det är inte alla som på djupet diskuterar olika centrala aspektet av ämnet. Vi listar några av de som brukar hålla hög nivå innehållsmässigt här nedan, de rankas inte, utan presenteras i alfabetisk ordning:

Data Stories är en podcast som görs av Moritz Stefaner och Enrico Bertini. Podcasten är gräsrotsfinansierad och fri från kommersiella inslag. Avsnitten är djuplodande och diskussionerna är omfattande och spänner över såväl breda och allmäna frågor som smalare, mer specialiserade, ämnen. Om du vill fördjupa dig i ämnet visualisering, men bara har tid med en podcast, så är det Data Stories du ska fokusera på.

Data Viz Today görs av dataanalytikern och designern Alli Torban. Torban samtalar med namnkunniga gäster om visualiseringsprocessen, inte sällan ur ett kommunikationsperpsektiv och ofta med design som fokus. Här erbjuds också en hel del kortare avsnitt med tips och tricks, små saker som kan vara bra att tänka på.

Explore Explain görs av Andy Kirk från Visualising Data. Varje avsnitt utgår från en given visualisering där Kirk konverserar med upphovspersonen om såväl processen som produktionen. Avsnitten tenderar att ge en detaljerad bild av alla möjliga steg i arbetsprocessen, av alla små och stora beslut som fattas längs vägen, samt de olika oanade och anade problem som kan tillstöta.

Storytelling with Data är podden som sprungit ur ett mer omfattande initiativ som fokuserar på den kommunikativa komponenten och berättandet inom visualisering. Initiativtagare är Cole Nussbaumer Knaflic och även om perspektivet från början kommer från näringslivet så finns det en hel del intressant att hämta även för vetenskaplig kommunikation.

The PolicyViz Podcast görs av ekonomen Jonathan Schwabish från PolicyViz. Även här är det kommunikation som står i fokus, mycket hänsyn tas till marknaden och mottagaren. Innehållet är snarare vridet åt datajournalistik än medicin och biologi, men viktiga vinklar som tillgänglighet och inkludering ges mycket utrymme och en del avsnitt behandlar mer tekniskt orienterade ämnen, såsom människa-datorinteraktion.

The Data Wranglers är en podcast som antar ett datatekniskt och i viss mån även ett datavetenskapligt perspektiv. Ämnet visualisering är återkommande och något som ligger upphovspersonerna Joe Hellerstein och Jeffrey Heer varmt om hjärtat. Även om visualisering inte alltid är fokus så är datadesign intimt förknippat med det perspektiv på datavetenskap som The Data Wranglers erbjuder.