30 minuter x 5 biomolekylära databaser

Publicerad: 2021-08-18

Under höstterminen håller biblioteket i fem 30-minuter långa lunchpresentationer (i Zoom) om öppna vetenskapliga databaser (så kallade kunskapsbaser) med biomolekylärt innehåll för dig som är doktorand eller forskare inom klinisk forskning eller translationell forskning.

Först kommer MarkerDB som är en heltäckande databas med över cirka 28,000 molekylära biomarkörer: kemisk, genetisk, proteinisk och karotypisk. Detaljerad information angående markörerna och deras associerade sjukdomstillstånd finns i databasen. Därmed kan MarkerDB användas för att spåra upp en biomarkör för ett relevant medicinskt sjukdomstillstånd.

Sen kommer Alliance of Genome Resources som var rekommenderat i tidskriften Journal of Nucleic Acid Research (NAR) databasedition 2020. Tidskriftsredaktionen tror att databasen kommer att vara av stort värde för forskarsamhället. Med denna databas kan man göra molekylära jämförelser mellan olika försöksdjursmodeller samt männskliga gener. 

Näst i tur är Monarch Initiative som också rekommenderades i en tidigare volym av tidskriften NAR. Med Monarch Initiative kan man matcha fenotyper från andra arter mot mänskliga fenotyper. Det kan också användas för att hitta sjukdomstillstånd med liknade fenotypiska profiler.

Sen kommer Simple ClinVar som rekommenderades i databasen Faculty Opinions. Simple ClinVar är en så kallad webb-applikation som tillåter en enklare och mer intuitiv visualisering av det data som finns i ClinVar (världens största öppet tillgänglig databas för genetiska variationer). Den kan användas för att hitta genetiska mutationer som har samband med ett visst sjukdomstillstånd.

PubMed Central (PMC) och BioStudies kommer att presenteras i slutet av denna termin. Dessa databaser är så kallade ELIXIR databaser. Europe PMC innehåller bibliografiska poster samt öppet tillgängliga artiklar som analyserats med text-mining för att hitta nyckelkoncept samt för att länka dessa till andra datakällor. Europe PMC är också länkad till BioStudies som innehåller kompletterande forskningsdata och är en samlingspunkt för all information för en studie.
Alla dessa databaser är relativt nya och utvecklas med hjälp av ett användarperspektiv (UX). Databaserna exemplifierar även hur öppna datakällor kan återanvänds för att skapa ny kunskap.

Presentationerna är riktade till dig som är doktorand eller forskare inom klinisk eller translationell forskning på KI. Anmäl dig via respektive presentation i vår kalender. En Zoom-länk skickas ut någon dag innan respektive presentation.