Håll dig uppdaterad – litteratursökning om covid-19

Forskningen om covid-19 är omfattande och svår att överblicka. Studieresultat publiceras dagligen – från pågånde forskning, opublicerade manuskript till publicerade primärstudier och litteraturöversikter. Från ofiltrerad till filtrerad information.

RSS-flöden

LitCovid – covid-19-kurerad litteratur från Pubmed

National Library of Medicine (NLM) i USA tillhandahåller en ypperlig resurs, LitCovid, för att botanisera i forskningslitteraturen kring covid-19. Resursen baseras helt på data från Pubmed, men erbjuder unika möjligheter till kategorisering, till exempel utifrån geografi och forskningsområden. Uppdateras dagligen.

Inititiativet presenterades i mars i tidskriften Nature.

Fortsätt söka i LitCovid

WHO Global literature on coronavirus disease

WHO samlar de senaste vetenskapliga studierna om det nya coronaviruset och covid-19 i en öppet tillgänglig databas. Innehållet baseras på sökningar i olika bibliografiska databaser och handsökning i specifika tidskrifter samt artiklar refererade av experter.

Uppdateras måndag till fredag.

Lima; Perú. Ministerio de Salud; 20200500. 4 p.
Updated date: måndag, 1 juni, 2020 - 00:33
Lima; Perú. Ministerio de Salud; 20200500. 14 p.
Updated date: måndag, 1 juni, 2020 - 00:33
Lima; Perú. Ministerio de Salud; 20200500. 25 p.
Updated date: måndag, 1 juni, 2020 - 00:33
Rev. colomb. cir;35(2): 244-249, 2020000.
Updated date: måndag, 1 juni, 2020 - 00:33
Med. lab;24(3): 183-205, 2020.
Updated date: måndag, 1 juni, 2020 - 00:33

Fortsätt söka i WHO:s covid-19-databas

Pubmed

Direktsökningar om covid-19 (se fler nedan): Generell Skyddsutrustning Graviditet Pediatrik

En bra start är att söka i Pubmed, som är en öppen databas som inte kräver någon inloggning. Börjar vi enkelt och söker på covid-19 får vi automatisk hjälp (obs: endast utan citattecken) eftersom Pubmed översätter sökningen till ett validerat sökfilter:

  • "COVID-19"[All Fields] OR "COVID-2019"[All Fields] OR "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"[Supplementary Concept] OR "severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"[All Fields] OR "2019-nCoV"[All Fields] OR "SARS-CoV-2"[All Fields] OR "2019nCoV"[All Fields] OR (("Wuhan"[All Fields] AND ("coronavirus"[MeSH Terms] OR "coronavirus"[All Fields])) AND (2019/12[PDAT] OR 2020[PDAT]))

Som vi kan se inkluderas en rad termer, geografiska beteckningar liksom en begränsning på datum från och med december 2019 (då smittan upptäcktes).

Medical Subject Headings (MeSH)

Någon MeSH-term för covid-19 finns inte i dagsläget, däremot en handfull relevanta så kallade Supplementary Concepts. Sedan tidigare finns dock MeSH-termer för coronaviruset:

Båda termerna, som även innehåller underliggande termer, introducerades i MeSH 1994.

Tänk på att indexeringen av MeSH-termer i Pubmed har en stor eftersläpning, ibland upp till ett år, varför det senaste materialet exkluderas om du endast söker på en MeSH-term i ett MeSH-fält. Detta gäller även vissa begränsningar, så kallade Filters som finns i vänstermenyn; till exempel om du begränsar till en åldersgrupp (Age) eller publikationstyp (Article type). Summa summarum: undvik dessa i görligaste mån.

Ett bra tips är att skapa en automatisk uppdatering, så kallad Alert, för en daglig eller veckovis uppdatering av nya covid-19-studier. Dessa skickas sedan automatiskt till din e-post utan att du behöver göra om sökningen.

Gör så här i Pubmed:

  1. Gör en sökning, till exempel med hjälp av direktsökningarna nedan.
  2. Klicka på Create alert.
  3. Logga in med ditt NCBI-konto. Har du inget skapar du ett konto via other login options och Sign up.
  4. Namnge din sökning, ställ in frekvens med mera.
  5. Klicka på Save.
  6. Klart!

Direktsökningar i Pubmed

På en eminent sida från Australian Library and Information Association finns automatiska Pubmed-sökningar om covid-19 länkade utifrån en rad ​aspekter som till exempel prevention, diagnos och population:

Även Medical Library Association (MLA) listar och länkar direktsökningar om covid-19 till Pubmed:

Embase

Vid sidan av Pubmed är Embase en viktig biomedicinsk databas med fokus på farmakologi och toxikologi. Embase innehåller även en stor mängd konferensmaterial och säger sig inkludera fler europeiska tidskrifter än Pubmed. Databasen är dock till skillnad mot Pubmed licensierad och kräver ett prenumerationsavtal.

För en covid-19-sökning i Embase:

  1. Logga in i Embase (för studenter och anställa på KI)
  2. Klicka förslagsvis på Results.
  3. Klistra in följande sökstrategi:
    ('covid 19'/exp OR 'coronavirus disease 2019'/exp OR 'covid 19':ti,ab OR ((covid NEAR/2 19):ti,ab) OR ((sars NEAR/2 'cov 2'):ti,ab) OR '2019 ncov':ti,ab OR ((wuhan:ti,ab OR hubei:ti,ab) AND coronavirus*:ti,ab) OR ([2019-2020]/py AND (new:ti,ab OR novel:ti,ab OR pandemic:ti,ab OR epidemic:ti,ab) AND ('coronavirus infection'/exp OR coronavirus*:ti,ab OR 'corona virus*':ti,ab)))

Google Scholar

Google Scholar är en utmärkt databas för att få koll på det senaste om covid-19. Innehållet är bredare än Pubmed och omfattar även fler olika publikationstyper. I viss utsträckning söks även fulltexten igenom, till skillnad mot traditionella bibliografiska databaser. Dock är det svårt att göra en mer strukturerad sökning i Google Scholar och sökningarna generar i regel tusentals träffar oavsett ämne.

Följande söktrategi har utvecklats för Google Scholar:

  • 2019 novel coronavirus disease OR 2019 novel coronavirus infection OR 2019-ncov disease OR 2019-ncov infection OR coronavirus disease 2019 OR coronavirus disease-19 OR coronavirus* OR coronovirus* OR coronavirus infections OR wuhan coronavirus OR 2019-ncov
  • Direktsökning i Google Scholar

Web of Science

Database Web of Science (Core Collection) är ett bra komplement till Pubmed och Embase. Dels eftersom det är en multidisciplinär databaser och därmed kan komplettera med covid-19-relaterad publikationer från andra forskningsfält. Dels eftersom Web of Science innehåller citeringsdata som bland annat kan användas som ett sätt att koppla ihop relevanta studier, men även se vilka publikationer som citeras mest frekvent.

  1. Logga in i Web of Science (för studenter och anställda på KI)
  2. Klicka på Advanced Search.
  3. Klistra in följande söksträng:
    TS=(coronavirus* OR "corona virus*" OR covid* OR ncov OR sars-cov* OR sarscov* OR 2019ncov) AND PY=2020

Medline via Ovid

Vid systematisk sökning används i regel Medline via Ovid istället för Pubmed. Innehållet är i stort sett identiskt, men gränssnittet erbjuder fler avancerade möjligheter.

Ovid tillhandahåller en egenutvecklad sökstrategi för covid-19 (finns direktlänkat under Expert Searches). Som vi ser ett relativt omfattande och komplicerat sökfilter (uppdaterat 14 april 2020). Finns även som direkt begränsning.

  1. exp Coronavirus/
  2. exp Coronavirus Infections/
  3. (coronavirus* or corona virus* or OC43 or NL63 or 229E or HKU1 or HCoV* or ncov* or covid* or sars-cov* or sarscov* or Sars-coronavirus* or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus*).mp.
  4. (or/1-3) and ((20191* or 202*).dp. or 20190101:20301231.(ep).) [this set is the sensitive/broad part of the search]
  5. 4 not (SARS or SARS-CoV or MERS or MERS-CoV or Middle East respiratory syndrome or camel* or dromedar* or equine or coronary or coronal or covidence* or covidien or influenza virus or HIV or bovine or calves or TGEV or feline or porcine or BCoV or PED or PEDV or PDCoV or FIPV or FCoV or SADS-CoV or canine or CCov or zoonotic or avian influenza or H1N1 or H5N1 or H5N6 or IBV or murine corona*).mp. [line 5 removes noise in the search results]
  6. ((pneumonia or covid* or coronavirus* or corona virus* or ncov* or 2019-ncov or sars*).mp. or exp pneumonia/) and Wuhan.mp.
  7. (2019-ncov or ncov19 or ncov-19 or 2019-novel CoV or sars-cov2 or sars-cov-2 or sarscov2 or sarscov-2 or Sars-coronavirus2 or Sars-coronavirus-2 or SARS-like coronavirus* or coronavirus-19 or covid19 or covid-19 or covid 2019 or ((novel or new or nouveau) adj2 (CoV or nCoV or covid or coronavirus* or corona virus or Pandemi*2)) or ((covid or covid19 or covid-19) and pandemic*2) or (coronavirus* and pneumonia)).mp.
  8. COVID-19.rx,px,ox. or severe acute respiratory syndrome coronavirus 2.os.
  9. ("32240632" or "32236488" or "32268021" or "32267941" or "32169616" or "32267649" or "32267499" or "32267344" or "32248853" or "32246156" or "32243118" or "32240583" or "32237674" or "32234725" or "32173381" or "32227595" or "32185863" or "32221979" or "32213260" or "32205350" or "32202721" or "32197097" or "32196032" or "32188729" or "32176889" or "32088947" or "32277065" or "32273472" or "32273444" or "32145185" or "31917786" or "32267384" or "32265186" or "32253187" or "32265567" or "32231286" or "32105468" or "32179788" or "32152361" or "32152148" or "32140676" or "32053580" or "32029604" or "32127714" or "32047315" or "32020111" or "32267950" or "32249952" or "32172715").ui. [Articles not captured by this search when created in April 2020, pending further indexing by NLM]
  10. or/6-9 [Lines 6 to 9 are specific to Covid-19]
  11. 5 or 10
  12. 11 and 20191201:20301231.(dt).

För en enklare men fortfarande sensitiv variant föreslår vi:

  1. exp Coronavirus/
  2. exp Coronavirus Infections/
  3. (coronavirus* OR corona virus* OR covid* OR ncov OR sars-cov* OR sarscov* OR 2019ncov).mp.
  4. 3 and 20191201:20201231.(dt).

I rad 3 är vi mer generösa med inkluderade fält i och med .mp., till skillnad mot standard .ti,ab,kf. Citattecken behövs inte för fraser i Ovid.

Via Ovid kan du också (som KI-användare) söka i databaserna Psycinfo och Global Health. Kopiera i så fall fritextraden (nr 3) ovan.

Sammanställningar

Det är förstås svårt att som till exempel kliniker hålla sig à jour med all nypublicerad forskning om covid-19. Tacksamt nog finns redan ett flertal resurser som sammanställer, bedömer och sammafattar aktuell forskning.

Centre for Evidence-Based Medicine vid University of Oxford publicerar dagligen översikter av evidensläget inom olika aspekter av covid-19:

Cochrane är förstås en oundgänglig resurs för samlad och summerad medicinsk forskning; deras COVID-19 resources är inget undantag. Med tanke på att Cochranes traditionella litteraturöversikter är omfattande och tidskrävande, med långa ledtider, krävs alternativa arbetssätt under rådande pandemi. Därför har nu Cochrane lanserat ett snabbspår för covid-19-relaterade översikter, så kallade Rapid Reviews:

En intressant och nyligen lanserad databas är COVID-evidence.org, initierad av universitetet i Basel och Meta-Research Innovation Center vid Stanford med flera:

Protokoll och preprints

Utvecklingen kring covid-19 går i rasande takt och den traditionella publiceringsprocessen med långa ledtider är inte optimal: forskningen behöver snabbt omsättas i klinisk praxis. Å andra sidan är det viktigt att de studier som publiceras håller en hög kvalitet och genomgår någon slags granskning, till exempel peer review. En svår balansgång.

De flesta kliniska prövningar registreras på ClinicalTrials.gov och i dagsläget listas ett stort antal pågående covid-19-relaterade studier.

Preprints – det vill säga manuskript uppladdade på en publik server innan formell peer review – kan vara av intresse för att ta del av den absolut mest aktuella forskningen. Dock är det viktigt att komma ihåg att detta material inte genomgått traditionell kvalitetsgranskning som peer review. Inom biomedicin är medRxiv och bioRxiv, som drivs av Cold Spring Harbor Laboratory, etablerade källor.

Som alltid är det bra att hålla koll på Retraction Watch som bevakar tveksamheter inom forskning. Till exempel om att Elsevier undersöker artikel om covid-19 och hydroxychloroquine.

I Pubmed taggas även återkallade artiklar med publikationstypen Retracted Publication. I dagsläget finns en återkallad artikel om covid-19 taggad, men fler kan det bli:

I sinom tid kommer också fler systematiska översikter i ämnet publiceras. Pågående översiktsartiklar kan redan räknas i hundratalet om vi tittar i PROSPERO (International prospective register of systematic reviews):

Forskningsdata

European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) med flera har (med stöd av EU) lanserat en plattform för att underlätta delning och analys av forskningsdata om covid-19:

The Allen Institute for AI har i samarbete med ledande forskargrupper gjort mer än 44 000 artiklar om coronaviruset och COVID-19 sökbara och möjliga att ladda ner, varav mer än 29 000 tillgängliga i fulltext:

Sökhjälp om covid-19

Om du behöver hjälp med litteratursökning om covid-19 och det nya coronaviruset kan du boka handledning eller – om du är forskare eller doktorand – beställa ett sökuppdrag.

Senast uppdaterad: 
2020-05-12